Национальный археологический музей в Лиссабоне был основан 22 декабря 1893 года, на основании специального декрета короля. Он совместил в себе две части: археологические исследования до XVIII века и результаты археологических изысканий в современное время. Первым его директором стал Хосе де Васконселас. Позднее, в 1894 году, в Лиссабоне основана Академия наук, которая через пять лет получает звание Национального Памятника.
В 1906 году, на территории монастыря Жеринимус, была открыта экспозиция археологического музея. С момента открытия музея, Лиссабон становится центром археологических исследований в Португалии, под руководством Мануэля Хелено. В 1956 году начинается расширение музея, площадь помещений была увеличена до 18 тысяч квадратных метров, что сделало музей одним из самых больших в Лиссабоне. Работы длились два года, проектом реконструкции руководил архитектор Альберто Круз. Но с 1976 года музей закрыт для посетителей, и до 1980 года здесь проводят лишь временные выставки.
В 1980 году проводится полная реорганизация выставочных залов с запасников музея – открыта экспозиция ‘Сокровища Португальской Археологии’. В 1984 году площади музея вновь расширяются, теперь уже до 40 тысяч квадратных метров. Тогда же была открыта и новая экспозиция – ‘Португалия от Римской эпохи до наших дней’. Новый выставочный зал, ‘Подземный Лиссабон’, открыт в 1994 году.Новый директор Луис Ропоза, назначенный в 1996 году, руководит музеем по сей день. В 2202 году был открыт сайт музея, где можно посмотреть расписание всех экспозиций.