Императрица Евдоксения получила ‘честные вериги’ в подарок от своей матери. Впоследствии, она передала реликвию папе Льву I. Согласно легенде, когда Лев I сравнивал полученный подарок с цепями Петра в Мамертинской тюрьме в Риме, две цепи чудесным образом соединились. Цепи хранятся в реликварие под главным алтарем.
Базилика была освещена в 439 году папой Сикстом III. Собор перестраивался множество раз.
На сегодняшний день Дональд Уильям Вюрл, американский кардинал, является кардинал-священником с титулом церкви Сан-Пьетро-ин-Винколи с 20 ноября 2010.
Сан-Пьетро-ин-Винколи наиболее известен как дом статуи ‘Моисей’ работы Микеланджело. Статуя — дань памяти знаменитому пророку. Она занимает центральное место в гробнице папы Юлия II. Пророк изображён с рожками из-за сходства ивритских слов ‘лучи света’ и ‘рога’.
Также в соборе похоронены итальянский кардинал Синцио Альдобрандини и флорентийский скульптор Антонио Полайоло.